Dalam tempoh 20 tahun pertama penempatan, hanya terdapat hubungan terhad di antara peneroka dan Orang Asli. Joseph Franklin membeli tanah di Brindabellas pada tahun 1849 dan cuba untuk menubuhkan sebuah ladang lembu. Ternakan beliau telah disembelih oleh Orang Asli tempatan dan beliau dihalau ke pergunungan. Serbuan pencari gali ke kawasan Kiandra melalui Brindabellas serta gunung barat ACT disebabkan kerubut emas Kiandra membawa kepada konflik dengan Orang Asli. Pada masa Franklin kembali ke Brindabellas pada tahun 1863, penduduk asli telah berkurangan dengan ketara.[51]

Selama bertahun-tahun berikutnya, orang Ngunnawal dan orang Asli tempatan lain tidak lagi wujud sebagai masyarakat yang padu dan bebas mematuhi cara hidup tradisional.[52] Mereka yang tidak meninggal dunia akibat penyakit dan pemangsaan lain telah sama ada tersebar ke kawasan penempatan tempatan atau telah dipindahkan ke rizab Orang Asli yang lebih jauh yang ditubuhkan oleh kerajaan NSW pada akhir abad ke-19. Kanak-kanak campuran keluarga Eropah Orang Asli secara umumnya dijangka untuk berasimilasi ke dalam masyarakat penempatan. Orang Ngunnawal kemudiannya sering dianggap sebagai "pupus";[53] bagaimanapun, dalam keadaan selari dengan golongan Asli Tasmania, orang yang mendakwa mempunyai keturunan Ngunnawal terus menganggap diri mereka seperti itu. Walau bagaimanapun, terdapat beberapa contoh kontemporari pertikaian dalam masyarakat itu sendiri tentang siapa yang dianggap betul-betul orang Ngunnawal.[54]